Eurofins

Eurofins Scientific (MWG) ofrece una amplia cartera de oligonucleótidos monocatenarios para métodos analíticos, purificados y listos para usarse en técnicas como PCR, secuenciación, deleción e hibridación. Ofrece modificaciones como marcaje con 6-FAM, HEX, TET, ROX y TAMRA, Cy3, Cy3.5, Cy5 y Cy5.5, Dabcyl, Pacific Blue, Oregon Green, Rhodamin Green, Texas Red.

Índice

Síntesis de oligonucleótidos

Eurofins Scientific ofrece una cartera amplia de oligonucleótidos para métodos analíticos como para la evaluación de la seguridad, identidad, composición, autenticidad, origen y pureza de productos biológicos, así como para el diagnóstico clínico. Es un proveedor internacional de servicios de secuenciación de ADN, productos de síntesis de ADN y servicios de bioinformática para investigación académica e industrial. Distinguido por sus productos de alta calidad que incluyen una serie de herramientas avanzadas de diseño de oligonucleótidos y su alta velocidad de entrega (1- 2 semanas).

Los oligonucleótidos son cadenas cortas de moléculas de ADN o ARN que se utilizan ampliamente en la investigación, el análisis forense y pruebas genéticas.  Estos oligos, pueden tener secuencias personalizadas y se fabrican con la química estándar  de la beta-cianoetilfosforamidita para sintetizar oligonucleótidos en la dirección 3 ‘a 5’ purificados mediante el método de desalado de alta pureza (HPSF), un método patentado de purificación a base de cartuchos que proporciona un oligo altamente puro.

Es común en estos encontrar los términos de escala de síntesis y rendimiento de síntesis. Esta cantidad define las cantidades de los reactivos que serán utilizados en la re suspensión de los oligos y los cálculos de los reactivos utilizados posteriormente en la PCR. El rendimiento de la síntesis depende de la eficacia de acoplamiento en cada etapa de extensión de la cadena de la síntesis.

Tamaño de Oligo Rendimiento teórico
w CE 99.5% w CE 99.0% w CE 98.5%
20-mer 91 83 75
30-mer 86 75 65
40-mer 82 68 55
60-mer 74 55 41
100-mer 61 37 22

 

Una vez que el oligo fue sintetizado y lavado, se realizan las siguientes pruebas analíticas:

  1. a) Medición de densidad óptica.

El rendimiento final del oligo se calcula en función de la medición de la densidad óptica (DO). Se registra la absorbancia a 260 nm. Una unidad DO es la cantidad de ADN en 1.0 mL de ddH2O que da una lectura de absorbancia A 260 = 1.0 cuando se mide usando una cubeta de cuarzo de 1 cm. 1 OD normalmente corresponde a ≈33 μg / ml de ADNss.

b)Espectrometría de masas maldi-tof.

La identidad de cada oligo se verifica por espectrometría de masas.

  1. c) Electroforesis en gel capilar (CGE)

El análisis por CGE se realiza rutinariamente en oligonucleótidos no modificados (> 60 nt de longitud) que se han purificado mediante RP-HPLC.

EurofinsGenomics sintetiza químicamente oligómeros de longitudes que varían de 5 a 200 nucleótidos (nt). Todos los oligos sintetizados en Eurofins son oligos de ADN monocatenarios. Producen GeneStrands (>100 bp) que son fragmentos de genes de dsDNA lineales, Genes (>100 bp). Sin embargo, para oligos de longitud <100 nts no ofrecen  dsDNA. . Los EXTREmers son sus oligonucleótidos de ADN largos de cadena simple (<200 nt de longitud) y se pueden usar durante al menos 12 meses después de la compra cuando se almacenan a -20 ° C.

También brinda la posibilidad de oligos modificados que mediante una conjugación con un éster son marcados con colorantes fluorescentes y éstos son más frágiles que los oligos no modificados, por tanto deben almacenarse en la oscuridad ya que la luz puede degradar lentamente los restos fluorescentes, dentro de las opciones para modificación se encuentran: 6-FAM, HEX, TET, ROX y TAMRA, Cy3, Cy3.5, Cy5 y Cy 5.5, Dabcyl, Pacific Blue, Oregon Green, Rhodamin Green, Texas Red.

Tambien ofrece oligosfosforotiados, a veces llamados S-oligos, un azufre que reemplaza a uno de los oxígenos en la cadena principal del fosfato entre las bases. Los oligonucleótidos con modificación de fosforotioato que pueden usarse para inducir una fuerte respuesta inmune en organismos vivos, ya que son muy estables contra la degradación nucleasas.

Los oligos sintéticos varían en apariencia dependiendo de una gran cantidad de factores. El oligo liofilizado puede aparecer seco u oleoso con un color claro, blanco o marrón, todos los oligos de EurofinsGenomics cumplen estrictos estándares de control de calidad y son enviados sin sal para posteriormente ser resuspendidos con un buffer esteril (por ejemplo, TE a pH 7,0),  no se recomienda con pH<5.

Los cálculos más comunes que se utilizan para el análisis de los oligos son peso molecular, coeficiente de extinción, picomoles, microgramos, concentración, temperatura de fusión. La escala de síntesis es la cantidad de la base del extremo 3′ con la que comenzó la síntesis de múltiples pasos, NO es el rendimiento final esperado. El rendimiento depende del tamaño del oligonucleótido, la eficacia de acoplamiento y la composición de base. Para la PCR, la escala de 50 nmol produce aproximadamente 1.000 a 5.000 reacciones y la escala de 0.2 μmol produce 4.000 a 20.000 reacciones (100 μl a 0.1 a 0.5 μM).